Tên chữ của chùa là Huệ Trạch tự (chữ Hán:惠澤寺), huệ trạch nghĩa là "ân huệ thấm nhuần" ("huệ" là cái ơn, "trạch" là cái đầm nước). Tên gọi này có thể cũng liên quan đến tên làng Đại Trạch (chữ Hán:大澤) ở gần đó, gắn liền với sự tích Thành hoàng làng Đại Trạch là Trần Hồng Hưng cho dựng chùa Xuân Quan và hai làng Xuân Quan và Đại Trạch cùng thờ Pháp Thông Vương Phật.

Chùa còn được gọi là chùa Dàn, gọi tắt từ chùa Dàn Chợ theo tên nôm của làng Xuân Quan (làng Dàn Chợ). Tuy nhiên cách chùa khoảng 800m, cùng xã Trí Quả, có một ngôi chùa nữa tại thôn Phương Quan (làng Dàn Câu) cũng tên là chùa Dàn nên chùa được gọi là Chùa Dàn Xuân Quan hay Chùa làng Xuân Quan để phân biệt.

Trên tấm bia "Xá Lợi Tháp Minh" khắc minh văn chữ Hán cổ nhất Việt Nam đào được năm 2004 gần chùa Xuân Quan còn cho biết tên cổ của chùa là Thiền Chúng tự[3].